Храм построили в 1676 году, а освятили после завершения внутреннего убранства двумя годами позже, 14 августа 1678-го.

Небольшую каменную церковь в модном тогда стиле московского барокко возвёл стольник Иван Неронов. Она дала новое имя местности: пустошь Овсянниково стала селом Спасским, затем Спас-Андреевским, а позже — Андреевским.

За три с половиной века храм не просто уцелел — он рос и перестраивался благодаря настоятелям, помещикам и обычным прихожанам. Например, в конце XIX века для расширения церкви один из жертвователей передал 40 тысяч кирпичей в счёт своего «нравственного долга», а на колокольне появился стопудовый колокол.

Самая драматичная глава началась после революции. В конце 1929 года церковь, вероятно, ненадолго закрыли из-за непосильных налогов. Тогда 30-40 местных женщин пришли к сельским властям и потребовали вновь открыть храм — и добились этого. Одну из участниц, Лидию Лепёшкину, сначала сослали на Урал, затем отправили в Сиблаг и расстреляли. В 1938 году расстреляли и служившего здесь отца Василия Румянцева.

Церковь пережила бои за Крюково и в советские годы оставалась действующей. Когда рядом вырос Зеленоград, она на три десятилетия стала главным православным центром для жителей нового города. А капитальный ремонт в 1970-е приходилось проводить фактически тайно: официального разрешения на реставрацию получить было невозможно.