Алексей Немерюк был назначен заместителем префекта Зеленограда в 2005 году, в возрасте 29 лет. В его ведении находились вопросы торговли, потребительских услуг, развития физической культуры и спорта, трудоустройства, рекламы и оформления города.

«Я ценю ту работу, которую Алексей Алексеевич проделал за годы работы с нами, — сказал сегодня на совещании префект Зеленограда Анатолий Смирнов. — Я тут с ужасом обнаружил, что несмотря на молодой возраст, он 7,5 лет является заместителем префекта. Наверное справедливо, что человек, работавший на непростом участке, приобретший опыт, явно переросший собственную должность, был замечен и получил новое назначение. Это человек нового креативного поколения, человек, который беззаветно любит свою работу, порядочный и профессиональный Желаю успехов на новом поприще. Это очень и очень непростая работа. Он теперь будет отвечать за участок работы, услугами которой пользуется более 12 миллионов жителей Москвы и ситуация в этой сфере не во всем благополучна. Мы будем надеяться, что он успешно справится с работой». Префект отметил заслуги Алексея Немерюка почетной грамотой.

Алексей Немерюк поблагодарил коллектив префектуры: «Мне немного горько уходить из Зеленограда. Я здесь вырос и близок каждый уголок. Я признателен Анатолию Николаевичу, что когда-то он меня заметил и не побоялся взять на работу ещё совсем молодого и „зеленого“, не имеющего опыта работы на госслужбе. Я всё это время учился — у него и у вас».

Рассуждая о своей будущей работе, Алексей Немерюк сказал РИА Новостям, что «резких телодвижений делать не стоит», но нужно понять, какие есть проблемные зоны, и работать над решением проблем. Как отметил Немерюк, рынок — это саморегулируемая структура, поэтому главное — подстраиваться под него, понимать, что хотят предприниматели.

Кто будет назначен вместо Немерюка, пока неизвестно. Анатолий Смирнов отметил, что пока не решен вопрос с новым заместителем префекта, текущие дела в округе будет по-прежнему исполнять Алексей Немерюк.

В ноябре прошлого года в интервью Zelenograd.ru Алексей Немерюк рассказал о планах развития зимних видов спорта и развитии спортивных объектов в Зеленограде.