Следующий матч ФК "Зеленоград" провел через четыре дня во Владимире, где предстояло помериться силами с местным "Торпедо" в 1/256 финала Кубка России. Уже на 25-й минуте зелено-белые остались в меньшинстве (П. Надейкин был удален с поля арбитром). В конце первого тайма владимирцы забили свой первый гол со штрафного. Во втором тайме игроки, вышедшие на замену, заметно освежили игру команды, и зеленоградцы создали несколько опасных моментов, но забить гол так и не смогли. На 78-й минуте матча главный судья назначил весьма спорный пенальти, который владимирцы реализовали без труда. Третий мяч был забит в ворота "Зеленограда" на последних минутах матча – мяч выскользнул из рук нашего голкипера и попал в сетку.
Таким образом, из Владимира зеленоградцы вернулись ни с чем: невеселый счет 0:3 в пользу владимирского "Торпедо", и ФК "Зеленоград" выбывает из Кубка России по футболу.
30 апреля 2007 года зеленоградцы принимали на стадионе спорткомплекса "Новые Химки" костромской "Спартак", завоевавший в прошлом сезоне бронзовые медали Первенства России. Игра шла при равной борьбе. Создавая острые моменты, ФК "Зеленоград" не реализовал ни одного из них, зато отличился "Спартак" - со штафного, заработанного за нарушение правил А. Хлебниковым. Итог матча – поражение 0:1.
После двух туров ФК "Зеленоград" находится на 12-м месте в турнирной таблице, имея в своем активе одно очко. Не совсем слаженная игра команды в атаке заставляет насторожиться. Но команда обновилась практически полностью, возможно, и не стоит ждать быстрого результата, необходимо время, чтобы освоиться в новых условиях и сыграться.
Следующий матч – игра 3 тура Росгосстрах Первенства России по футболу – снова пройдет во Владимире. ФК "Зеленоград" встретится с местной командой "Торпедо" 8 мая 2007 года, начало игры в 18:00.