Пополнить счёт на карте онлайн можно с помощью банковских карт Visa и Mastercard, с мобильного телефона, через «Яндекс.Деньги» или WebMoney. Принимаются суммы от 10 до 2500 рублей. На сайте надо ввести номер карты, выбрать сумму и способ оплаты. Если деньги переводятся с мобильного, должно прийти sms-сообщение с просьбой подтвердить платёж.
Чтобы оплаченные билеты оказались на карте, нужно приложить её к жёлтому информационному терминалу в метро (выбрать кнопку «удаленное пополнение»). В терминалах «Мосгортранса», имеющихся в билетных киосках, такую услугу не оказывают.
Сейчас положить деньги на «Тройку» можно в кассах метро, «Мосгортранса» салонах сети «МегаФон», терминалах «Элекснет» и «Европлат», кассах «Аэроэкспресса». В пригородных железнодорожных кассах на карту можно записать разовые поездки на электричку. В перспективе карту можно будет пополнить в банкоматах «Сбербанка». Мобильное приложение для «Тройки» обещают запустить весной. Тогда же появится возможность привязать карту к номеру мобильного телефона — её можно будет восстановить в случае потери.
update: упс, внимательно прочитал ответ на свой вопрос в первом же предложении статьи :)